文化遗产保护研究所
文化遗产保护研究所前身是1953年成立的四川省文物管理委员会地面文物队。1984年省文管会办公室增挂四川省文物考古研究所牌子，地面文物工作队为下设部门之一；同年文物保护技术工作队和地面文物工作队合并成立文物队。1999年文物队改名文物保护中心，负责地面文物和可移动文物的保护、研究工作。2003年，地面文物保护工作从文物保护中心独立，成立古建石窟设计研究室。2004年改名为古建筑石窟保护研究所，2018年改名为文化遗产保护研究所，主要负责历史建筑保护、古遗址古墓葬保护、文物保护规划编制，以及不可移动文物保护工程监理，并开展相关科研工作。
地面文物队1953年进行四川省首次大规模文物调查，标志着四川省文化遗产保护专业工作的起步。此后30年间，地面文物队负责全省地面文物的调查，设计、指导和监督重要文物建筑的修缮，并为政府提供文物保护领域的决策咨询，包括参加第一次全国文物普查（1956）、选定四川省第一批（1956）、第二批（1961）文物保护单位、重新公布四川省文物保护单位（1980），参与起草和宣传四川省文物保护相关规章制度等，为四川文化遗产保护体系的初创与发展发挥了重要作用。
1984年后，部门工作向更加专业化和规范化的方向发展。参与第二次、第三次全国文物普查，在调查基础上完成历次全国重点文物保护单位和省级文物保护单位的名录推荐。调查、测绘省内外数百处历史建筑，进行了扎实的基础性工作。基于此，完成文物勘察设计、文物保护规划编制及文物保护工程监理数百项。先后主持、参与峨眉山和乐山大佛、都江堰与青城山、大足石刻、元上都遗址、丝绸之路中国段等世界遗产的文物保护工作，参与“中国白酒老作坊”、“灵渠”、“蜀道：金牛道广元段”、“古蜀文明遗址”、“藏羌碉楼与村寨”、“芒康盐井古盐田”等6处中国世界文化遗产预备名单的文物保护工作；承担首批国家考古遗址公园陕西西安大明宫遗址城墙、城门和太液池保护与展示工程建设监理，及世界文化遗产乌兹别克斯坦花剌子模州历史文化遗迹修复项目管理，成为国内首家承担“一带一路”文物保护项目的文博科研单位。
近年来，依靠我院考古、文物保护和出土文物保护三个主要业务部门的专业组合优势，开展大遗址保护、考古遗址公园保护规划编制，将调查、发掘、保护乃至陈列展示等集于一体，完成三星堆、宣汉罗家坝、景德镇御窑厂等考古遗址公园规划编制。联合开展蜀道调查、“茶马古道”调查等线性遗产的保护工作；参与传统村落保护，参与川渝石窟的保护研究。
数十年间，配合国家基本建设项目，完成了大量文物调查及保护工作，典型如三峡水电站、向家坝水电站淹没区及成渝铁路、成贵铁路、成都新机场工程地面文物保护。
文化遗产保护研究所历来重视保护与科研相结合，自50年代以来，不断推出高质量科研成果。近年来引进多学科专业人员，将考古学、建筑学、历史学等跨学科理论和方法普遍引入到文物勘察设计及文物保护规划编制的前期调研工作和研究中，并承担多项科研课题。陆续出版《四川古建筑大系》丛书；汇编基础资料成果的《四川古建筑测绘图集》已出版6辑。